Già nel 1884 nel refettorio (o Cenacolo)
vennero depositati materiali provenienti dai magazzini dell’Opera, ma l’apertura
di un Museo vero e proprio risale al 2 novembre 1900.
Un nuovo allestimento fu inaugurato nel 1959 e ampliato nel 1962: pochi anni dopo,
durante la terribile alluvione del 4 novembre 1966, l’acqua raggiunse 5 metri
e due centimetri. La nafta e il fango produssero danni gravissimi, deturpando le
opere con macchie giallastre. Il Crocifisso di Cimabue – divenuto drammatico
simbolo dell’alluvione stessa – subì una perdita del 60% della
superficie pittorica.
A lungo il Museo è stato chiuso ed è stato riaperto nel 1975;
l’anno successivo è stata riportata la grande Croce. Nel 2006, in occasione
del quarantennale dell’alluvione, grazie all'impegno congiunto dell’Opera
di Santa Croce, dell’Opificio
delle Pietre Dure e della Soprintendenza
per il Patrimonio Storico Artistico ed Etnoantropologico, è stato
inaugurato un nuovo allestimento con il ritorno di una parte delle opere che avevano
subito danni: talune provenienti da altre parti del complesso, altre già
in precedenza nel museo. Altre opere sono state ricollocate nel 2009.

Si accede al museo dall’ala di fabbricato che divide i due chiostri: le prime
tre sale accolgono affreschi staccati, sinopie,
rilievi, sculture e
arredi lignei. Nel quarto ambiente – già cappella della famiglia
Cerchi – la cui struttura gotica è stata rimaneggiata all’inizio
del Quattrocento, sono riunite opere in terracotta invetriata dei Della Robbia e frammenti
di decorazioni provenienti dalle pareti.
La parete di fondo dell’adiacente piccolo refettorio, anticamente utilizzato
dai frati in inverno, è occupato da un
affresco a lunetta di Jacopo Ligozzi, il
cui soggetto è legato all’uso dell’ambiente: San Francesco d’Assisi
morente distribuisce il pane ai confratelli. Nella sala sono esposte alcune
vetrate, affreschi staccati e dipinti.

L’antico refettorio
del convento di Santa Croce, o Cenacolo, edificato nella prima metà del Trecento,
è un vastissimo ambiente rettangolare con copertura a travature scoperte,
la cui parete di fondo è stata affrescata da
Taddeo Gaddi: l’Ultima Cena è sovrastata dall'Albero della
Vita (ispirata al Lignum vitae di Bonaventura da Bagnoregio).
I danni provocati dall'alluvione del 1966 resero necessario il distacco dell'immenso
affresco e la sua ricollocazione: un intervento straordinario.
Vi sono oggi esposte le opere più significative del Museo, innanzi tutto
il gigantesco Crocifisso dipinto da Cimabue, la cui esecuzione può
essere collegata al rinnovamento della chiesa iniziato alla fine del Duecento. La
croce, in caso di minaccia di alluvione, è sollevabile con un meccanismo
manovrabile dall'alto.
Alle pareti sono appesi frammenti dal Trionfo della morte, l'Inferno
e il Giudizio finale, un grandioso affresco di Andrea Orcagna, in origine sulla
parete destra di Santa Croce.
Un tabernacolo, che riproduce in calco
quello originario di Orsanmichele, accoglie
la grande statua in bronzo dorato del San Ludovico di Tolosa, realizzata
da Donatello intorno al 1423.
La scultura fu rimossa da Orsanmichele e trasferita
sulla facciata di Santa Croce già prima del 1510. Rimossa nell’Ottocento
per la realizzazione della facciata, dal 1908 è conservata nel Museo.
Dal
novembre 2006 sono stati collocati su un grande manufatto centrale alcuni dipinti
restaurati: particolarmente significativi la Deposizione dalla Croce di
Francesco Salviati
(del 1547-1548) e la Discesa di Cristo al Limbo, firmata e datata 1552
dal Bronzino, provenienti
dai due altari sulla controfacciata, rimossi nell’Ottocento. Dal 2009 sono
tornate nel museo due Madonne col Bambino trecentesche, la grande pala
di
Alessandro Allori raffigurante la Deposizione dalla croce, e la
Trinità opera di Lodovico Cigoli del 1592.